La tercera versión fue recreada en un ambiente más futurista, repleto aviones innovadores que no fueron tan bien recibidos por algunos. El juego parece haber sido puesto de la misma manera que la mayoría de juegos de la serie. La versión japonesa de este juego va guiada por un argumento, 52 misiones jugables, múltiples finales, personajes de Anime. Sin embargo, en las versiones norteamericanas y europeas, esta historia fue recortada, reduciendo el juego a 36 misiones y a una trama más lineal. Debido a esto, el juego era generalmente bien recibido en Japón, pero encontró mucha crítica en otros países. El conflicto de AC3 se genera por una guerra corporativa: Neucom y General Resources ya que el gobierno ha caído, las corporaciones combaten principalmente en Usea (el continente usado en Ace Combat 2 y Ace Combat 4: Shattered Skies), en este futuro donde las tecnologías que se desempeñan son la Inteligencia Artificial, Las Tecnologías Ecológicas y Un Especie de red informática muy avanzada llamada Electrosphere (Electrosfera) de uso mental y en vehículos el sistema C.o.f.f.i.n. que permite ver mejor y controlar mejor el vehículo por medio de un sistema a base de cámaras y blindaje. Usado en tanques, Aviones y navíos de un solo conductor o mas, los cuales pueden controlar los vehículos con la mente.
